Merkio draustiniai

Beveik visa Merkio upė yra paskelbta ichtiologiniu draustiniu (išskyrus ruožą, tenkantį Dzūkijos nacionaliniam parkui). Merkio ichtiologinis draustinis buvo įsteigtas 1974 metais (taip pat ir klubo narių pastangomis), siekiant išsaugoti lašišinių žuvų – kiršlių ir margųjų upėtakių nerštavietes. Į draustinio teritoriją patenka keturi Merkio intakai: Verseka, Pasgrinda, Derežna ir Beržupis.

Visa Merkio upė priklauso Europos ekologiniam tinklui „Natura 2000“ – Europos Bendrijos svarbos saugomų teritorijų bendrajam tinklui.

Merkio ichtiologiniame draustinyje aptinkamos 28 rūšių žuvys ir nėgės (Merkyje – 26), iš kurių 7 (8?) yra Natura 2000 rūšys, 6 rūšys saugomos Berno konvencijos, 3 rūšys globojamos LR Aplinkos ministerijos. Iš viso 11 saugomų tik ichtiofaunos rūšių. Labiausiai draustinyje paplitę margieji upėtakiai ir kūjagalviai, taip pat gana dažnai sutinkama rainių, šlyžių, t. y. draustinyje labiausiai paplitusios šaltam, švariam vandeniui pirmenybę teikiančios žuvys. Šios rūšys labai jautrios ekologinių sąlygų pokyčiams ir dažniausiai būna paplitusios upėse, kurių ekologinės sąlygos apibūdinamos kaip geros (Kesminas ir kt., 2005. Lietuvos ichtiologiniai draustiniai).  

Merkiui tenka keturios buveinių apsaugai svarbios teritorijos, priskiriamos Natura 2000 tinklui, pagal LRV 2004-03-15 nutarimo Nr. 276 „Dėl Bendrųjų buveinių ar paukščių apsaugai svarbių teritorijų nuostatų patvirtinimo“: 

1) Merkio ir Šalčios upių santaka. Saugoma karbonatinių smėlynų smiltpievės, rūšių turtingi briedgaurynai, eutrofiniai aukštieji žolynai, šienaujamos mezofitų pievos;

2) Merkio pievos ties Pamerkiu. Saugoma rūšių turtingi briedgaurynai, rūšių turtingi smilgynai, melvenynai, eutrofiniai aukštieji žolynai, aliuvinės pievos, šienaujamos mezofitų pievos, šarmingos žemapelkės;

3) Merkio slėnis ties Turgeliais. Saugoma rūšių turtingi briedgaurynai, aliuvinės pievos;

4) Visa Merkio upė. Saugoma upių sraunumos su kurklių bendrijomis, didysis auksinukas, kartuolė, mažoji nėgė, paprastasis kirtiklis, paprastasis kūjagalvis, pleištinė skėtė, ūdra. 

Merkio baseine yra įsteigti 4 hidrografiniai draustiniai: Šalčios, Visinčios, Spenglos ir Grūdos. Taip pat yra įsteigtas Merkio kraštovaizdžio draustinis, kuriame saugomas ir reprezentuojamas vienas raiškiausių Lietuvoje didelės gamtinės bei kultūrinės vertės Merkio ir Skroblaus žemupių slėnių kraštovaizdis su būdingais girinių dzūkų kaimais, archeologiniais radiniais bei retųjų rūšių augalais (šaltinis: Valstybinių saugomų teritorijų tarnyba).